(从常磐市的安禹在卡洛斯碰见宫门市的阿栗后放弃继续上学，终于找准目标而出发。两人后来以密阿雷市的丞义为目标加入与邪恶抗衡的神秘组织中…, …)
- chapter0 序章 暑假
- Chapter1 造访卡洛斯
- Chapter2 屋顶上的邂逅
- Chapter3 溪边奇遇
- Chapter4漂流记
- Chapter5 和阿栗出行
- Chapter6 密阿雷市
- Chapter7 棱镜塔爆炸
- Chapter8 通往塔顶的对战
- Chapter9 闪焰队初登场
- Chapter10 宝可梦研究所
- Chapter11 暂任助手
- Chapter12 少年丞义，各自的开始
- Chapter13 回家
- Chapter14 成为训练家
- Chapter15 告别常磐市
- Chapter16 短暂的停留 即刻起航
- Chapter17 比冬天还冷的城市 第一战（一）
- Chapter18 比冬天还冷的城市 第一战（二）
- Chapter19 比冬天还冷的城市 第一战（三）
- Chapter20 尘封的秘密
- Chapter21 寻找答案的人
- Chapter22 迷失·迷幻森林
- Chapter23 回忆·宝可梦村
- Chapter24小猫怪的悲惨遭遇
- Chapter25 收服与误闯·无名洞窟
- Chapter26 与超梦的交手
- Chapter27 你好像男妈妈
- Chapter28 摔落谷底·天空训练家
- Chapter29 VS沼王
- Chapter30 拾得异物 抵达连理镇
- Chapter31 通电后的宝可梦身体检查
- Chapter32 巨大瀑布·反转对战